Bestyrelsen er skolens højeste myndighed. Skolens bestyrelse fastlægger rammerne for skolens drift i samarbejde med skolens ledelse. Bestyrelsen er således en aktiv medspiller omkring såvel skolens økonomi som undervisningstilbud.
Bestyrelsen for Sjællands Kirkemusikskole holder møde tre gange årligt, i marts og august og november.
Medlemmerne er udpeget for en 4-årig periode, 2023 - 2027